سردار شمس پس از شهادت سردار "اسماعیل دقایقی" فرمانده لشکر بدر(مجاهدان عراقی) در عملیات کربلای 5، فرماندهی این لشکر را برعهده گرفت. سردار نقدی در روزهای دفاع مقدس به واسطه‌ی فرماندهی لشکر بدر با بسیاری از مجاهدان عراقی ارتباط بسیار نزدیکی پیدا کرد. حضور وی در مراسم ختم شهید ابومنتظر المحمداوی فرمانده عملیات سپاه بدر و خوش آمدگویی به حاضرین بی ارتباط با این موضوع نیست چراکه سردار نقدی در دوران دفاع مقدس فرمانده شهید ابومنتظر در لشکر بدر بوده است.
سردار نقدی در خصوص شهید دقایقی و لشکر بدر که البته وی از این لشکر با عنوان "احرار" نام می‌برد، می‌گوید: شهید دقایقی از شهدای مظلوم ما هستند. هم ایشان و هم لشکر بدر پدیده خاصی هستند. مجاهدینی که از عراق آمدند ایران و پناهنده شدند، ابتدا در کارهای اطلاعاتی و شناسایی یگان‌ها فعال شدند. سپس که تعدادشان افزایش یافت توانستند یک محور رزمی و مبارزاتی داشته باشند. لذا در ابتدا گردان شهید صدر را تشکیل دادند. دلیل حضور مجاهدان عراقی در ایران نیز درگیری مردم عراق با حزب بعث بود.
پس از تشکیل گردان شهید صدر در عملیات کمک کردند و کم کم در واگذاری عملیات به آن‌ها اعتماد شد و در عملیات هور و حاج عمران حضور داشتند و تیپی شدند که شهید دقایقی اینها را ساماندهی کرد. و عملیات‌های متعددی را تا عملیات کربلای 5 انجام دادند. شهید دقایقی تیپ احرار را تشکیل داد و در همین عملیات کربلای 5 اینها آمدند و وارد شدند.
اولین روزهای مسئولیت من در بدر مصادف با شهادت فردی به نام ابومحمد بود. او از لحاظ اعتقادی و معرفتی در سطح بالایی بود و خیلی مذهبی بود. او با اسرای عراقی صحبت می‌کرد که اشتباهی رفتند و آن‌ها را توبه می‌داد. وقتی که آزادی این احرار شروع شد و آمدند در جبهه ابومحمد هم افتاده بود به جبهه که تمام اینها را من راهنمایی کردم پس چرا مرا نمی‌گذارید خودم بیایم.
در کتاب "ر" که مجموعه خاطرات زندگی شهید "رسول حیدری" به نگارش در آمده است در چند جا اسم از شمس آمده است که منظور سردار نقدی است. شهید رسول حیدری از فرماندهان قرارگاه رمضان بود. قرارگاه رمضان به فرماندهی سردار "محمدباقر ذوالقدر" مسئولیت انجام عملیات‌های برون مرزی در خاک عراق را برعهده داشت.
